In april beginnen de problemen rondom wethouder Marcel Deen: financiële perikelen met zijn vorige werkgever (welzijn-stichting in Enkhuizen), voorbodes voor een hete media-zomer. Er wordt ernstig getwijfeld aan zijn integriteit. Het vertrouwen is opgezegd door fractievoorzitters van andere partijen, met name door de oppositie. Toch willen de coalitie partijen wel verder met GroenLinks. Het bestuur van de afdeling heeft de zaak altijd als privézaak gezien en niet als politiek conflict.
14 sep 1999 is een zwarte dag voor Marcel: hij legt zowel wethouderzetel als raadszetel neer. Marcel wordt als wethouder vervangen door Cees van Rijs (actiepunt o.a. armoedebeleid, Kinderboerderijen/MAK, samenwerking Opmaat met Rentree) en komt Willem Kukler in de raad en Paul Visser wordt fractievoorzitter.
Toch ook nog een paar feestelijkheden: Kitty 12½ jaar aaneengesloten raadslid (10 september) en 10- jarig bestaan van GroenLinks (29 november).
Saskia Borgers komt met het idee van een strategisch team voor professionalisering en versterken van “levende afdeling”, verbetering van dialoog, verdieping politieke koers, kleur geven aan profiel van GroenLinks met oog op verkiezingen van 2002, verbreden van maatschappelijke basis/zoeken naar nieuwe bondgenoten, scouting van actieve leden voor bestuur en kandidaten met ondersteuning en training. Het bestuur pakt deze zaken ook gelijk aan: Huishoudelijk regelement, Functioneringsgesprekken, Redactiestatuut afdelingsblad, Enquête onder leden (deskundigheden, vaardigheden, interesses), protocol Lief en leed.
Het jaar 2000 start met een regionale thema-avond over asielzoekers o.l.v. Aad Vlaar (vz Vluchtelingenwerk en ex-burgemeester Venhuizen).
De fractie houdt zich nu bezig met vele bijeenkomsten over gemeentelijke herindeling. Paul Visser dient het Initiatiefvoorstel Dieren Welzijnsbeleid in. De fractie levert veel input bij de Nota Verkeer en Parkeren Binnenstad met als doel autoluw maken. Nieuwe wijk Bangert-Oosterpolder is bij uitstek een kans voor GroenLinks om te strijden voor duurzame bouw, openbaar groen, ecologische waterstructuren en duurzame energie.
Jacqueline schrijft aan de burgemeester dat zij per 01-01-2001 geen deel meer uit zal maken van de gemeenteraad Hoorn. Reden: veranderende politieke inzichten van de fractie GroenLinks en voor haar moeilijk werkklimaat. Zij is 6 jaar raadslid geweest. Jacqueline Amesz wordt in 2001 opgevolgd door Harry Bakker (na 10 jaar voorzitterschap).
Saskia Borgers wordt voorzitter en Lisette van Diest nieuw bestuurslid (nu een volledig vrouwenbestuur…). Tijdens nieuwjaarsreceptie deelt de kersverse nieuwe voorzitter “tolletjes” uit, omdat we een wervelende toekomst tegemoet gaan in de aanloop naar de verkiezingen.
GroenLinks gaat haar groene gezicht laten zien: zij maakt via artikel 37 vragen bezwaar tegen het kappen van groot aantal bomen langs Schellinkhouterdijk (10 jan 2001) en tegen kapvergunning van kastanjebomen bij Kleine Oostsluisbrug (16 dec 2001).
Fractiesecretaris (Harry Bakker) houdt een dagboek bij voor de Nieuwsbrief: stationsgebied moet niet Manhatten van Hoorn worden; inzetten op “schuifelroutes” voor rolstoelen, rollators en kinderwagens op Europese autovrije dag; Harry gaat mee naar Pribram (zusterstad van Hoorn in Tsjechië); aandacht voor lift bij NS-spoorbrug; knip in Venenlaan om sluipverkeer tegen te gaan.